Quỹ hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh; không vì mục tiêu lợi nhuận; có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tiền gửi đối với nguồn gốc từ ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước và mở tài khoản tiền gửi đối với nguồn từ tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân tài trợ tại Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.

Quỹ có nhiệm vụ tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài chính của Quỹ theo quy định. Tài trợ cho các hoạt động, dự án phục vụ phát triển nghề cá, đầu tư phát triển nghề cá, đầu tư cho các hạng mục, công trình hạ tầng cảng cá, cơ sở chế biến, dịch vụ hậu cần nghề cá và các công trình thiết yếu khác phòng, chống thiên tai, phục vụ dân sinh tại huyện Trường Sa chưa được ngân sách Nhà nước đầu tư hoặc đầu tư chưa đủ.