Ra tòa trong vụ án này, ngoài bị cáo Trương Mỹ Lan và Chu Lập Cơ (chồng bà Lan, Quốc tịch nước ngoài) và các thành viên thuộc Tập đoàn Vạn Thịnh Phát có các bị cáo là cựu lãnh đạo, cán bộ Ngân hàng TMCP Sài Gòn (SCB); cựu cán bộ Ngân hàng Nhà nước; cựu cán bộ Thanh tra Chính phủ; một cựu cán bộ Kiểm toán Nhà nước, các bị cáo thuộc công ty thẩm định giá. 

Các bị cáo này bị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố về các tội “Tham ô tài sản”, “Nhận hối lộ”, “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, “Vi phạm quy định về hoạt động của ngân hàng” và “Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản”.

Trước khi đưa vụ án ra xét xử, có 5 bị cáo đang bỏ trốn, Tòa án nhân dân TP Hồ Chí Minh đã kêu gọi các bị cáo này ra đầu thú để được hưởng chính sách khoan hồng của pháp luật.

Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, bà Trương Mỹ Lan là người điều hành “hệ sinh thái” Vạn Thịnh Phát với hơn 1.000 doanh nghiệp lớn và nhỏ, trong và ngoài nước. Để có nguồn vốn duy trì họat động hệ thống doanh nghiệp khổng lồ này, bà Lan đã tìm cách thâu tóm Ngân hàng SCB, nhằm biến ngân hàng này thành công cụ tài chính của mình.

Mặc dù không giữ chức vụ trong Ngân hàng SCB nhưng bằng cách thu gom cổ phần rồi nhờ người khác đứng tên hộ, bà chủ Tập đoàn Vạn Thịnh Phát sở hữu tới hơn 91,5% cổ phần SCB.

Với tỷ lệ cổ phần trên cùng việc bố trí nhân sự là những người thân tín vào các vị trí chủ chốt tại SCB, nên bà Lan chi phối, điều hành tuyệt đối mọi hoạt động của ngân hàng này từ khi hợp nhất 3 ngân hàng tư nhân đến khi khởi tố vụ án.

Theo cáo trạng, bà Trương Mỹ Lan là người có vai trò cao nhất, "đạo diễn" việc rút ruột hơn 1 triệu tỷ đồng từ SCB, qua đó chiếm đoạt của ngân hàng hơn 304.000 tỷ đồng.